Le attività svolte dagli operatori biologici presenti sul territorio nazionale sono vigilate dagli Organismi di controllo (OdC).

Gli OdC per svolgere i controlli sulla produzione, preparazione ed importazione dei prodotti dell´agricoltura biologica devono essere:

• accreditati alla norma UNI CEI EN 45011 (ISO 65)
• autorizzati dal Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali, dopo aver ottenuto l'accreditamento, con l'approvazione delle procedure di controllo, da loro messe a punto.

All´interno degli OdC opera un organo spesso denominato Commissione di Certificazione che, per come è composto, è in grado di garantire indipendenza ed obiettività di giudizio. La Commissione decide in merito all´ammissione degli operatori nel sistema, al rilascio della certificazione e all´irrogazione delle sanzioni in modo indipendente dall´organismo tecnico d´ispezione.

L´ingresso nel sistema di controllo di un'azienda avviene attraverso la compilazione della notifica di attività con metodo biologico ed il suo invio all´OdC prescelto oltre che alle Autorità regionali competenti o, nel caso di importatori, al MIPAAF.
A questo punto l´OdC attiva la procedura per la valutazione dell´azienda al fine di stabilirne l´idoneità a produrre con metodo biologico. La valutazione viene fatta dalla Commissione di Certificazione che prende in esame i documenti forniti dall'azienda ed i risultati della visita ispettiva che nel frattempo è stata eseguita da un ispettore incaricato.

Le aziende idonee vengono inserite nel sistema di controllo dell´OdC e su di esse verrà esercitata l´attività di sorveglianza basata sul principio dell'analisi del rischio per la pianificazione dell'attività di controllo e che si compone di:

• visite ispettive (almeno una all´anno)
• esame e gestione della documentazione aziendale
• prelievo di campioni ed analisi sui prodotti per la verifica dell´assenza di residui di sostanze non ammesse.

Qualora, durante l´attività di sorveglianza, vengano rilevate delle non conformità al metodo di produzione previsto per l'agricoltura biologica, l´OdC applica le relative sanzioni che possono arrivare nei casi più gravi anche all´esclusione dell´azienda dal sistema di controllo.

La certificazione delle produzioni avviene attraverso l´emissione di certificati quali:

• Attestato di idoneità aziendale che attesta che l'azienda soddisfa i requisiti previsti dal Regolamento comunitario
• Certificato di prodotto con cui si certifica che un lotto o un quantitativo specifico è stato prodotto con metodo biologico
• Autorizzazione alla stampa etichette che consente al produttore di stampare etichette di varia natura per il confezionamento
  o condizionamento dei prodotti destinati al consumatore
• oppure in alternativa Certificato di Conformità aziendale valido come certificato solamente se accompagnato dalle
  dichiarazioni di conformità rilasciate dall'operatore.