Il Servizio fitosanitario fornisce un supporto tecnico-scientifico all´attuazione dei programmi agro-ambientali della Regione attraverso la predisposizione di norme tecniche per la difesa dalle avversità parassitarie delle colture agrarie e per il controllo delle infestanti. Per ciascuna coltura vengono definiti i criteri per la difesa e il diserbo, specificando i prodotti fitosanitari ammessi e le più efficaci ed innovative modalità di intervento.
Annualmente viene curato l´aggiornamento dei disciplinari di produzione integrata. Collabora inoltre con gli altri Servizi della Direzione per la progettazione e l´attuazione di programmi comunitari, nazionali e regionali che prevedono interventi nel settore fitosanitario. In stretta collaborazione con Istituzioni scientifiche nazionali ed internazionali, partecipa alla realizzazione di programmi di ricerca e sperimentazione per la messa a punto di strategie a basso impatto ambientale, per la valutazione dell´ efficacia dei mezzi di lotta agli organismi dannosi alle piante e per la definizione delle linee di intervento di difesa integrata e biologica.
Svolge inoltre il ruolo di coordinamento e supporto scientifico per i tecnici preposti all´assistenza delle aziende agricole, attraverso pubblicazioni, note tecniche, riunioni periodiche e visite in aziende. Di rilievo l´attività diagnostica, momento fondamentale dell´assistenza tecnica: ogni anno vengono esaminati e analizzati migliaia di campioni di piante e suggerite le terapie adeguate. Vengono controllati anche campioni di terreno per determinarne il livello di contaminazione ed infestazione e indirizzare gli agricoltori nelle scelte colturali.
Particolarmente qualificato è inoltre il servizio che viene fornito di previsione e avvertimento per le avversità delle colture agrarie, realizzato attraverso l´acquisizione sul territorio regionale e l´elaborazione di informazioni meteorologiche ed epidemiologiche.
Queste attività sono svolte da personale altamente specializzato nei settori della fitoiatria, patologia vegetale e zoologia agraria.